はじめまして。
ヘッドナットを全部緩めてしまうとヘッドガスケットの交換が必要になります。
ナットを1個外し新品ナットを規定トルクで締め付けるのを繰り返していけば問題無いと思います。
出来れば内側から順番に交換した方が良いと思います。

返信ありがとうございます。
1個づつですね！
早速交換してみます。
お忙しい中ありがとうございました。

はじめまして。
タンク内が真空になるトラブルはインジェクションになって経験がありません。
ロールオーバーバルブアセンブリの先にあるプラグとは一番最後の大気開放する部分のプラグでしょうか？
そこを外して正常になるのでしたらどこかが詰まっているのでと思います。
負圧になる原因はタンクキャップ不良、ロールオーバーバルブアセンブリ不良、ホースの折れ曲がり、タンクの詰まりなどです。
古くなって一番多いトラブルはタンクキャップを取り外して給油口の後部にある穴〜タンク下部のホースが刺さっている部分の通路詰まりです。
それだとエアブローで解決します。
それとロールオーバーバルブアセンブリ側でなくもう1本のホース曲がりも可能性があります。
頻繁にタンクを取外す方はそのホースを取外しておいた方が賢明です。

お忙しいところ返信ありがとうございます。
プラグはおっしゃる通り最後の大気開放部分のプラグです。ホースの潰れに関してはロールオーバーバルブ側もロールオーバーバルブじゃない方も大丈夫でした。タンクキャップを外した部分の穴は給油口付近の水抜き用の穴（またがって給油口左側のみ）のみで、後部部分はありませんでした。キャブ時代はあったと思いますが、インジェクションになってからロールオーバーバルブへの経路はタンクキャップ経由ではなく、タンク内から直にだったと思います、前車がキャブのXJR1300だったので確かですが・・・。
水抜き用の穴もブローしましたが大丈夫でした。
仮にロールオーバーバルブ不良の場合は二つとも交換という形でしょうか？
もしくはプラグをそのまま外したままは何か不具合がありますでしょうか？
お時間のある時で構いませんので返信いただけると幸いです。
よろしくお願いいたします。

プラグは抜いた状態で差し支えありません。

リコールではありませんが保証期間が延長されているのでお近くのYAMAHAのお店で無償修理できると思います。

ご回答ありがとうございます。
当方、小郡市からですがそちらでお願いする事はできますか？
その場合は何日か預ける事になりますか？
宜しくお願いします。

2日ほどお預かりできれば修理できます。
よろしければご都合が良い日にお持ち下さい。

ありがとうございます。
持ち込む前に一度電話で連絡してから
持ち込みます。
宜しくお願い致します。

初めまして。
'98〜'99XJR1300とXJR1200のシリンダーヘッドは入替え可能です。
'00〜XJR1300にXJR1200のヘッドを組んだ場合、レーサーなら問題ないですが、
2次空気導入装置が組めないので車検が通りません。